通过粉末状活性炭的水，由于残留的细菌类微生物的营养源头被吸附在粉状活性炭的表面上，就构成了一个细菌舒服的繁衍场所。因此，在粉状活性炭的净水器中，就会有一般的细菌随着水一同流出的现象。为了减少停留的水，应该对粉状活性炭定期的检查和检测，如果一旦发现细菌含量超标，就需要对活性炭进行更换。否则就会造成严重的细菌污染和大肠杆菌的污染。
国内的饮用水执行标准中明确规定了饮用水经过粉末状活性炭处理过后，一般情况下细菌应控制在100CFU每毫升以下，大肠杆菌应该是检测不到才算合格。特别是大肠杆菌的污染是由于下水混入了自来水道中到导致的，对于一般的细菌来说，都是在空气中的比较常见。
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